在一片汪洋的古老星球上，曾经只有海和一群巨大的鱼。四十五亿年前，这个世界上还没有人类，只有这些大鱼。在与人类世界平行的空间里，有一个规则严格、遵守秩序的族群，他们为神工作，掌控着世界万物运行的规律和人类灵魂。他们既不是神，也不是人，而是“其他人”。

椿，是这个族群中的一位少女，她继承了生家族对海棠花生长的控制权。尽管违反了族人的禁令，她还是决定在海底秘密地饲养一个人类少年的心灵——一条小小的大鱼。这不仅违背了族人的规定，而且也触犯了母亲的禁令。

“其他人”世界中的天空连接着人类世界的大海，每当成年的小孩通过成年礼这一天喝下化作大鱼，从天空飞向海底世界去观察他们在人类世界中的规则如何运行时，椿就去了人类世界。她遇到了一个叫鲲的小男孩，他和妹妹生活得无忧无虑自由快乐，但鲲吹出的曲子吸引了椿，使她产生了一种难以抗拒的情感。

然而，在回归自己的过程中，被捕捞渔网困住，不幸的是，一次意外事件发生，使得鲲救出椿，并最终牺牲自己来换取她的生命。椿因为过度挣扎而失去了记忆，但当她恢复意识后，却发现自己与鲲之间存在一种不可思议的联系。

为了救活鲲，椿必须到达如升楼，那里是好人们死后灵魂所在地。在那里，她遇到了掌管好人们灵魂的不知是否算天神或“其他人”的女婆婆，这位女婆婆告诉椿，要想救活鲲，就必须找到他的心靈，即那只拇指大小的小鱼。

经过艰苦寻找，最终找到小鱼并将其带回家。但随着时间推移，小鱼开始变得越来越大，对村里的环境造成影响。而且，由于种种原因，小水被误入臭井中，与此同时，湫也卷入了一场关于双头蛇的问题，并最终成为毒蛇的一部分昏迷过去。

为了拯救湫和鮮（鉴于两者关系），Ellen 将自己的寿命交换给鮮，以换取他返回人間之门。但这项交易不仅改变了她的命运，还让她变成了鮮的人类形态。当魚兒長大並準備返回人間時，因為過於擔憂鮮可能會忘記他們之間的情誼與愛，所以決心留下來陪伴他直至最後。