。影片讲述了所有活着的人类，都是海里一条巨大的鱼；出生的时候他们从海的此岸出发。他们的生命就像横越大海，有时相遇，有时分开……死的时候，他们便到了岸，各去各的世界。

四十五亿年前，这个星球上，只有一片汪洋大海，和一群古老的大鱼。在与人类世界平行的空间里，生活着一个规规矩矩、遵守秩序的族群，他们为神工作，掌管世界万物运行规律，也掌管人类的灵魂。他们的天空与人类世界的大海相连。他们既不是神，也不是人，他们是“其他人”。

少女椿，是生家族中的一员，她掌管着海棠花的生长。不惜违背族人的戒律，她在秘密地饲养了一条拇指大小的小鱼，那是人类少年留下来的灵魂。她和小鱼之间的情感纽带逐渐加深，但由于族人的禁令，她只能远远观望。

然而，在一次偶然的情况下，小鱼被捆住，被迫回到自己的世界，而椿也随之卷入其中。她不仅失去了小鱼，还面临着可能永远不能见到他的一切希望。但就在这个时候，一位勇敢的小男孩鲲，用他的爱心和勇气救出了椿，并牺牲自己来保护她。这场意外的情缘，让两人紧紧相连，不再是简单的人类或“其他人”，而是在彼此心中的重要存在。

随后，椿发现自己成为了鲲，他的心跳在她的身体中起舞，她也开始体验到生命中新的意义。而当湫——一个充满好奇心且善良少年出现时，他决定帮助椿找到鲲，并一起克服重重困难，最终成功救出了鲲。

然而，这段旅程并非平坦无阻。一系列挑战和冒险让湫不得不面对死亡，但他选择了牺牲自己，为朋友们提供机会。他用半条命交换了一次机会，以确保能够继续帮助椿找到那颗化作小船的小核桃，从而将鲲送往如升楼，让他成为真正的人类。

最终，当所有困难都得到了解决，当每个人都找回了属于自己的位置时，我们看到了一个关于爱、友谊和自我牺牲的事实：即使我们身处不同的领域，即使我们有不同的身份，每个人心中的渴望都是相同的——要被理解，要被珍视，要被爱。当我们的故事结束，我们知道，无论我们身处何方，都有可能找到属于自己的家园，那是一个由真挚感情构建的地方，而这正是《大鱼海棠》所传达出的核心信息。