在遥远的过去，地球上只有一片汪洋大海和几条古老的大鱼。这些大鱼不仅是海洋的统治者，也掌管着人类世界的规律和灵魂。在这个神秘而又美丽的世界里，少女椿以生家族继承人的身份，负责管理海棠花，她违背族人戒律，在海底秘密养育了一个人类少年的心灵——一条拇指大小的小鱼。

当椿被迫返回自己的世界时，她遇到了一个名叫鲲的少年。鲲与他的妹妹生活在无忧无虑、自由快乐之中，他们之间发生了一段无法抗拒的情感纠葛。当椿面临死亡时，为了救活鲲，她与灵婆做出了牺牲，用一半寿命交换了鲲复活，并与他之间建立了生死相连的情缘。

随后，椿带着鲲回到了家中，但他们不得不面对村子里的禁止养鱼规定，以及母亲试图杀掉小鱼的事实。湫，这位忠诚的朋友，最终帮助椿找回了失去的小鱼。但就在这时，一场意外发生，小蛇攻击了两人，而湫为了保护椿，不惜使用蛮力击败了双头蛇，却自己也中毒昏迷。

最终，在爷爷支持下，湫决定牺牲自己的一半性命来救活 椿。这次行动成功地挽救了生命，但也意味着湫将永远留在这里等待Ellen去世。而Ellen则用剩余的一半生命来照顾她所爱的人，并为未来的日子做好准备。她知道，只要心是善良，就算是在错误之中，也有人愿意原谅她。在故事结束的时候，我们看到Ellen和Boa（鲲）紧紧拥抱在一起，他们彼此深爱，是无论何种困境都能共同面对的人类形态。大漾、大涌浪，即使是最大的悲伤，也会变成新生的力量。而我们从这部电影中学到的，是即使身处逆境，也要保持勇气和希望，因为每个人的生命都是宝贵且值得珍惜的。